SmilesParseOps.h

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00003 //
00004 //   @@ All Rights Reserved  @@
00005 //
00006 #ifndef _RD_SMILESPARSEOPS_H
00007 #define _RD_SMILESPARSEOPS_H
00008 #include <GraphMol/Bond.h>
00009 
00010 namespace RDKit{
00011   class RWMol;
00012   class Atom;
00013 }
00014 namespace SmilesParseOps {
00015   void ReportParseError(const char *message,bool throwIt=true);
00016   void CleanupAfterParseError(RDKit::RWMol *mol);
00017   void AddFragToMol(RDKit::RWMol *mol,RDKit::RWMol *frag,
00018                     RDKit::Bond::BondType bondOrder=RDKit::Bond::UNSPECIFIED,
00019                     RDKit::Bond::BondDir bondDir=RDKit::Bond::NONE,
00020                     bool closeRings=false,bool doingQuery=false);
00021   RDKit::Bond::BondType GetUnspecifiedBondType(const RDKit::RWMol *mol,
00022                                                const RDKit::Atom *atom1,
00023                                                const RDKit::Atom *atom2);
00024   void CloseMolRings(RDKit::RWMol *mol,bool toleratePartials=0);
00025   void AdjustAtomChiralityFlags(RDKit::RWMol *mol);
00026 };
00027 
00028 #endif

Generated on Sat May 24 08:36:32 2008 for RDCode by  doxygen 1.5.3