rdkit package

Subpackages

• rdkit.Chem package
  • Subpackages
    • rdkit.Chem.AtomPairs package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Pairs module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Sheridan module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Torsions module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.UnitTestDescriptors module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.Utils module
        • rdkit.Chem.AtomPairs.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.ChemUtils package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.ChemUtils.AlignDepict module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.BulkTester module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.SDFToCSV module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.TemplateExpand module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.UnitTestAlignDepict module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.UnitTestSDFToCSV module
        • rdkit.Chem.ChemUtils.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Draw package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Draw.IPythonConsole module
        • rdkit.Chem.Draw.MolDrawing module
        • rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps module
        • rdkit.Chem.Draw.UnitTestDraw module
        • rdkit.Chem.Draw.UnitTestIPython module
        • rdkit.Chem.Draw.UnitTestSimilarityMaps module
        • rdkit.Chem.Draw.aggCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.cairoCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.canvasbase module
        • rdkit.Chem.Draw.mplCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.qtCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.spingCanvas module
        • rdkit.Chem.Draw.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.EState package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.EState.AtomTypes module
        • rdkit.Chem.EState.EState module
        • rdkit.Chem.EState.EState_VSA module
        • rdkit.Chem.EState.Fingerprinter module
        • rdkit.Chem.EState.UnitTestEState module
        • rdkit.Chem.EState.UnitTestFingerprints module
        • rdkit.Chem.EState.UnitTestTypes module
        • rdkit.Chem.EState.UnitTestVSA module
        • rdkit.Chem.EState.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.FeatMaps package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapParser module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapPoint module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMapUtils module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.FeatMaps module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.UnitTestFeatMap module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.UnitTestFeatMapParser module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.UnitTestFeatMapPoint module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.UnitTestFeatMapUtils module
        • rdkit.Chem.FeatMaps.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Features package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Features.FeatDirUtilsRD module
        • rdkit.Chem.Features.ShowFeats module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Fingerprints package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Fingerprints.ClusterMols module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.DbFpSupplier module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.FingerprintMols module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.MolSimilarity module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.SimilarityScreener module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.UnitTestDbFpSupplier module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.UnitTestFingerprints module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.UnitTestSimScreener module
        • rdkit.Chem.Fingerprints.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Fraggle package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Fraggle.FraggleSim module
          • Fragmentation algorithm
        • rdkit.Chem.Fraggle.UnitTestFraggle module
        • rdkit.Chem.Fraggle.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.MolDb package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.MolDb.FingerprintUtils module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader_orig module
        • rdkit.Chem.MolDb.Loader_sa module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.MolKey package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.MolKey.InchiInfo module
        • rdkit.Chem.MolKey.MolKey module
        • rdkit.Chem.MolKey.UnitTestMolKey module
        • rdkit.Chem.MolKey.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Pharm2D package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Generate module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Gobbi_Pharm2D module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.LazyGenerator module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Matcher module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.SigFactory module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestGenerate module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestGobbi module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestLazyGenerator module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestMatcher module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestSignature module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.UnitTestUtils module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.Utils module
        • rdkit.Chem.Pharm2D.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Pharm3D package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Pharm3D.EmbedLib module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.ExcludedVolume module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.Pharmacophore module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.UnitTestEmbed module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.UnitTestExcludedVolume module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.UnitTestPharmacophore module
        • rdkit.Chem.Pharm3D.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Scaffolds package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Scaffolds.MurckoScaffold module
        • rdkit.Chem.Scaffolds.UnitTestMurckoScaffold module
        • rdkit.Chem.Scaffolds.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.SimpleEnum package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.SimpleEnum.Enumerator module
        • rdkit.Chem.SimpleEnum.UnitTestEnumerator module
        • rdkit.Chem.SimpleEnum.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Subshape package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Subshape.BuilderUtils module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeAligner module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeBuilder module
        • rdkit.Chem.Subshape.SubshapeObjects module
        • rdkit.Chem.Subshape.UnitTestSubshape module
        • rdkit.Chem.Subshape.testCombined module
        • rdkit.Chem.Subshape.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.Suppliers package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.Suppliers.DbMolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.MolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.UnitTestDbMolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.UnitTestSDMolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.UnitTestSmilesMolSupplier module
        • rdkit.Chem.Suppliers.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.Chem.fmcs package
      • Submodules
        • rdkit.Chem.fmcs.fmcs module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.Chem.AllChem module
    • rdkit.Chem.BRICS module
    • rdkit.Chem.BuildFragmentCatalog module
    • rdkit.Chem.ChemicalFeatures module
    • rdkit.Chem.ChemicalForceFields module
    • rdkit.Chem.Crippen module
    • rdkit.Chem.DSViewer module
    • rdkit.Chem.Descriptors module
    • rdkit.Chem.Descriptors3D module
    • rdkit.Chem.FastSDMolSupplier module
    • rdkit.Chem.FeatFinderCLI module
    • rdkit.Chem.FilterCatalog module
    • rdkit.Chem.FragmentCatalog module
    • rdkit.Chem.FragmentMatcher module
    • rdkit.Chem.Fragments module
    • rdkit.Chem.FunctionalGroups module
    • rdkit.Chem.GraphDescriptors module
    • rdkit.Chem.Graphs module
    • rdkit.Chem.Lipinski module
    • rdkit.Chem.MACCSkeys module
    • rdkit.Chem.MCS module
    • rdkit.Chem.MolCatalog module
    • rdkit.Chem.MolSurf module
    • rdkit.Chem.PandasTools module
    • rdkit.Chem.PeriodicTable module
    • rdkit.Chem.PropertyMol module
    • rdkit.Chem.PyMol module
    • rdkit.Chem.Randomize module
    • rdkit.Chem.Recap module
    • rdkit.Chem.ReducedGraphs module
    • rdkit.Chem.SATIS module
    • rdkit.Chem.SaltRemover module
    • rdkit.Chem.ShowMols module
    • rdkit.Chem.TemplateAlign module
    • rdkit.Chem.TorsionFingerprints module
    • rdkit.Chem.inchi module
  • Module contents
• rdkit.DataManip package
  • Subpackages
    • rdkit.DataManip.Metric package
      • Module contents
  • Module contents
• rdkit.DataStructs package
  • Submodules
    • rdkit.DataStructs.BitEnsemble module
    • rdkit.DataStructs.BitEnsembleDb module
    • rdkit.DataStructs.BitUtils module
    • rdkit.DataStructs.HierarchyVis module
    • rdkit.DataStructs.LazySignature module
    • rdkit.DataStructs.TopNContainer module
    • rdkit.DataStructs.UnitTestBitEnsemble module
    • rdkit.DataStructs.UnitTestDocTests module
    • rdkit.DataStructs.UnitTestTopNContainer module
    • rdkit.DataStructs.UnitTestcBitVect module
    • rdkit.DataStructs.VectCollection module
    • rdkit.DataStructs.test_list module
  • Module contents
• rdkit.Dbase package
  • Submodules
    • rdkit.Dbase.DbConnection module
    • rdkit.Dbase.DbInfo module
    • rdkit.Dbase.DbModule module
    • rdkit.Dbase.DbReport module
    • rdkit.Dbase.DbResultSet module
    • rdkit.Dbase.DbUtils module
    • rdkit.Dbase.StorageUtils module
    • rdkit.Dbase.UnitTestDbConnect module
    • rdkit.Dbase.UnitTestDbInfo module
    • rdkit.Dbase.UnitTestDbResultSet module
    • rdkit.Dbase.UnitTestDbUtils module
    • rdkit.Dbase.UnitTestStorageUtils module
    • rdkit.Dbase.test_list module
  • Module contents
• rdkit.DistanceGeometry package
  • Module contents
• rdkit.ForceField package
  • Module contents
• rdkit.Geometry package
  • Module contents
• rdkit.ML package
  • Subpackages
    • rdkit.ML.Cluster package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Cluster.Butina module
        • rdkit.ML.Cluster.ClusterUtils module
        • rdkit.ML.Cluster.ClusterVis module
        • rdkit.ML.Cluster.Clusters module
        • rdkit.ML.Cluster.Murtagh module
        • rdkit.ML.Cluster.Resemblance module
        • rdkit.ML.Cluster.Standardize module
        • rdkit.ML.Cluster.UnitTestButina module
        • rdkit.ML.Cluster.UnitTestCluster module
        • rdkit.ML.Cluster.murtagh_test module
        • rdkit.ML.Cluster.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Composite package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Composite.AdjustComposite module
        • rdkit.ML.Composite.BayesComposite module
        • rdkit.ML.Composite.Composite module
        • rdkit.ML.Composite.UnitTestCOMServer module
        • rdkit.ML.Composite.UnitTestComposite module
        • rdkit.ML.Composite.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Data package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Data.DataUtils module
        • rdkit.ML.Data.FindQuantBounds module
        • rdkit.ML.Data.MLData module
        • rdkit.ML.Data.Quantize module
        • rdkit.ML.Data.SplitData module
        • rdkit.ML.Data.Stats module
        • rdkit.ML.Data.Transforms module
        • rdkit.ML.Data.UnitTestDoctests module
        • rdkit.ML.Data.UnitTestFilter module
        • rdkit.ML.Data.UnitTestMLData module
        • rdkit.ML.Data.UnitTestQuantize module
        • rdkit.ML.Data.UnitTestStats module
        • rdkit.ML.Data.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.DecTree package
      • Submodules
        • rdkit.ML.DecTree.BuildQuantTree module
        • rdkit.ML.DecTree.BuildSigTree module
        • rdkit.ML.DecTree.CrossValidate module
        • rdkit.ML.DecTree.DecTree module
        • rdkit.ML.DecTree.Forest module
        • rdkit.ML.DecTree.ID3 module
        • rdkit.ML.DecTree.PruneTree module
        • rdkit.ML.DecTree.QuantTree module
        • rdkit.ML.DecTree.SigTree module
        • rdkit.ML.DecTree.Tree module
        • rdkit.ML.DecTree.TreeUtils module
        • rdkit.ML.DecTree.TreeVis module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestID3 module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestPrune module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestQuantTree module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestSigTree module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestTree module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestTreeUtils module
        • rdkit.ML.DecTree.UnitTestXVal module
        • rdkit.ML.DecTree.randomtest module
        • rdkit.ML.DecTree.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Descriptors package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Descriptors.CompoundDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.Descriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.Parser module
        • rdkit.ML.Descriptors.UnitTestCOMServer module
        • rdkit.ML.Descriptors.UnitTestDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.UnitTestMolDescriptors module
        • rdkit.ML.Descriptors.UnitTestParser module
        • rdkit.ML.Descriptors.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.InfoTheory package
      • Submodules
        • rdkit.ML.InfoTheory.BitClusterer module
        • rdkit.ML.InfoTheory.BitRank module
        • rdkit.ML.InfoTheory.UnitTestBitRanker module
        • rdkit.ML.InfoTheory.UnitTestCorrMatGen module
        • rdkit.ML.InfoTheory.entropy module
        • rdkit.ML.InfoTheory.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.KNN package
      • Submodules
        • rdkit.ML.KNN.CrossValidate module
        • rdkit.ML.KNN.DistFunctions module
        • rdkit.ML.KNN.KNNClassificationModel module
        • rdkit.ML.KNN.KNNModel module
        • rdkit.ML.KNN.KNNRegressionModel module
        • rdkit.ML.KNN.UnitTestKNN module
        • rdkit.ML.KNN.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.MLUtils package
      • Submodules
        • rdkit.ML.MLUtils.VoteImg module
      • Module contents
    • rdkit.ML.ModelPackage package
      • Submodules
        • rdkit.ML.ModelPackage.PackageUtils module
        • rdkit.ML.ModelPackage.Packager module
        • rdkit.ML.ModelPackage.UnitTestPackage module
        • rdkit.ML.ModelPackage.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.NaiveBayes package
      • Submodules
        • rdkit.ML.NaiveBayes.ClassificationModel module
        • rdkit.ML.NaiveBayes.CrossValidate module
        • rdkit.ML.NaiveBayes.UnitTestNB module
        • rdkit.ML.NaiveBayes.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Neural package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Neural.ActFuncs module
        • rdkit.ML.Neural.CrossValidate module
        • rdkit.ML.Neural.NetNode module
        • rdkit.ML.Neural.Network module
        • rdkit.ML.Neural.Trainers module
        • rdkit.ML.Neural.UnitTestOther module
        • rdkit.ML.Neural.UnitTestTrainer module
        • rdkit.ML.Neural.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.SLT package
      • Submodules
        • rdkit.ML.SLT.Risk module
        • rdkit.ML.SLT.UnitTestRisk module
        • rdkit.ML.SLT.test_list module
      • Module contents
    • rdkit.ML.Scoring package
      • Submodules
        • rdkit.ML.Scoring.Scoring module
        • rdkit.ML.Scoring.UnitTestScoring module
        • rdkit.ML.Scoring.test_list module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.ML.AnalyzeComposite module
    • rdkit.ML.BuildComposite module
    • rdkit.ML.CompositeRun module
    • rdkit.ML.EnrichPlot module
    • rdkit.ML.GrowComposite module
    • rdkit.ML.MatOps module
    • rdkit.ML.ScreenComposite module
    • rdkit.ML.UnitTestAnalyzeComposite module
    • rdkit.ML.UnitTestBuildComposite module
    • rdkit.ML.UnitTestScreenComposite module
    • rdkit.ML.files module
    • rdkit.ML.test_list module
  • Module contents
• rdkit.Numerics package
  • Module contents
• rdkit.SimDivFilters package
  • Submodules
    • rdkit.SimDivFilters.SimilarityPickers module
    • rdkit.SimDivFilters.UnitTestSimilarityPickers module
    • rdkit.SimDivFilters.test_list module
  • Module contents
• rdkit.VLib package
  • Subpackages
    • rdkit.VLib.NodeLib package
      • Submodules
        • rdkit.VLib.NodeLib.DbMolSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.DbPickleSupplier module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SDSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmartsMolFilter module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmartsRemover module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesDupeFilter module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesOutput module
        • rdkit.VLib.NodeLib.SmilesSupply module
        • rdkit.VLib.NodeLib.UnitTestNodeLib module
        • rdkit.VLib.NodeLib.demo module
        • rdkit.VLib.NodeLib.test_list module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.VLib.Filter module
    • rdkit.VLib.Node module
    • rdkit.VLib.Output module
    • rdkit.VLib.Supply module
    • rdkit.VLib.Transform module
    • rdkit.VLib.UnitTestVLib module
    • rdkit.VLib.test_list module
  • Module contents
• rdkit.sping package
  • Subpackages
    • rdkit.sping.PDF package
      • Submodules
        • rdkit.sping.PDF.pdfdoc module
        • rdkit.sping.PDF.pdfgen module
        • rdkit.sping.PDF.pdfgeom module
        • rdkit.sping.PDF.pdfmetrics module
        • rdkit.sping.PDF.pdfutils module
        • rdkit.sping.PDF.pidPDF module
      • Module contents
    • rdkit.sping.PIL package
      • Submodules
        • rdkit.sping.PIL.pidPIL module
      • Module contents
    • rdkit.sping.PS package
      • Submodules
        • rdkit.sping.PS.fontinfo module
        • rdkit.sping.PS.latin1MetricsCache module
        • rdkit.sping.PS.pidPS module
        • rdkit.sping.PS.psmetrics module
      • Module contents
    • rdkit.sping.Pyart package
      • Submodules
        • rdkit.sping.Pyart.Fontmapping module
        • rdkit.sping.Pyart.pidPyart module
      • Module contents
    • rdkit.sping.Qt package
      • Submodules
        • rdkit.sping.Qt.pidQt module
        • rdkit.sping.Qt.pidQt4 module
      • Module contents
    • rdkit.sping.ReportLab package
      • Submodules
        • rdkit.sping.ReportLab.pidReportLab module
      • Module contents
    • rdkit.sping.SVG package
      • Submodules
        • rdkit.sping.SVG.pidSVG module
      • Module contents
    • rdkit.sping.TK package
      • Submodules
        • rdkit.sping.TK.pidTK module
      • Module contents
    • rdkit.sping.WX package
      • Submodules
        • rdkit.sping.WX.pidWX module
        • rdkit.sping.WX.pidWxDc module
      • Module contents
    • rdkit.sping.tests package
      • Submodules
        • rdkit.sping.tests.pidtest module
        • rdkit.sping.tests.pstests module
        • rdkit.sping.tests.testallps module
      • Module contents
    • rdkit.sping.util package
      • Submodules
        • rdkit.sping.util.HTMLPiddler module
      • Module contents
  • Submodules
    • rdkit.sping.colors module
    • rdkit.sping.pagesizes module
    • rdkit.sping.pid module
    • rdkit.sping.stringformat module
    • rdkit.sping.utils module
  • Module contents
• rdkit.utils package
  • Submodules
    • rdkit.utils.UnitTestUtils module
    • rdkit.utils.cactvs module
    • rdkit.utils.chemdraw module
    • rdkit.utils.chemdraw_qax module
    • rdkit.utils.chemutils module
    • rdkit.utils.comhack module
    • rdkit.utils.fileutils module
    • rdkit.utils.listutils module
    • rdkit.utils.spiral module
    • rdkit.utils.test_list module
  • Module contents

Submodules

• rdkit.RDConfig module
• rdkit.RDLogger module
• rdkit.RDPaths module
• rdkit.RDRandom module
• rdkit.TestRunner module
• rdkit.six module
• rdkit.test_list module

Module contents