Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• a : RDKit::DrawColour, RDKit::RascalMCES::RascalClusterOptions, RDKit::RDTypeTag::detail::Value
• A_i : ForceFields::MMFF::MMFFVdW
• a_ij : ForceFields::MMFF::MMFFHerschbachLaurie
• abbrev : RDKit::Abbreviations::AbbreviationMatch
• abbreviation : RDKit::Deprotect::DeprotectData
• AbbreviationMatch() : RDKit::Abbreviations::AbbreviationMatch
• acceptFailure : RDDepict::ConstrainedDepictionParams
• accumulateVotes() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
• AcidBaseCatalogEntry() : RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogEntry
• AcidBaseCatalogParams() : RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams
• acidbaseData : RDKit::MolStandardize::CleanupParameters
• acidbaseFile : RDKit::MolStandardize::CleanupParameters
• AcidicAtoms : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• AcidityLimit : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• activeAtmIdxOffset_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• activeBndIdxOffset_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• add() : RDKit::CIPLabeler::Node, RDKit::CIPLabeler::PairList, RDKit::CIPLabeler::Rules, RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache, RDKit::FMCS::SeedSet, RDKit::FMCS::SubstructureCache, RDKit::RGroupData, RDKit::RGroupDecompData::UsedLabels, RDKit::RGroupDecomposition
• addAgentTemplate() : RDKit::ChemicalReaction
• addAll() : RDKit::CIPLabeler::PairList
• addAtom() : RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey, RDKit::FMCS::Graph, RDKit::FMCS::Seed, RDKit::RWMol
• addAtomIndices : RDKit::MolDrawOptions
• addAtoms() : RDKit::RGroupDecompData
• addAtomWithBookmark() : RDKit::SubstanceGroup
• addAtomWithIdx() : RDKit::SubstanceGroup
• addAttachPoint() : RDKit::SubstanceGroup
• addBinary() : RDKit::CachedMolHolder
• addBond() : RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey, RDKit::FMCS::Graph, RDKit::FMCS::Seed, RDKit::RWMol
• addBondIndices : RDKit::MolDrawOptions
• addBondWithBookmark() : RDKit::SubstanceGroup
• addBondWithIdx() : RDKit::SubstanceGroup
• addBracket() : RDKit::SubstanceGroup
• addCatalog() : RDKit::FilterCatalogParams
• addChild() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDKit::FilterHierarchyMatcher
• addConformer() : RDKit::ROMol
• addConformersToMol() : RDKit::Trajectory
• addContrib() : DistGeom::ChiralViolationContribs, DistGeom::DistViolationContribs, DistGeom::FourthDimContribs, ForceFields::AngleConstraintContribs, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribs, ForceFields::DistanceConstraintContribs, ForceFields::UFF::InversionContribs
• addCore() : RDKit::RGroupDecompData
• addCoreUserLabels() : RDKit::RGroupDecompData
• addCState() : RDKit::SubstanceGroup
• addCustomPropHandler() : RDKit::MolPickler
• addDummyAtomsToUnlabelledCoreAtoms() : RDKit::RGroupDecompositionParameters
• addEdge() : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
• addEntry() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >, RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >, RDKit::FilterCatalog
• addFeatureDef() : RDKit::MolChemicalFeatureFactory
• addFingerprint() : RDKit::FPHolderBase
• addFragsFromMol() : RDKit::FragCatGenerator
• additionalAtomLabelPadding : RDKit::MolDrawOptions
• additionalOutput : RDKit::FingerprintFuncArguments
• addKey() : RDKit::KeyFromPropHolder, RDKit::KeyHolderBase
• addMol() : RDKit::CachedMolHolder, RDKit::CachedSmilesMolHolder, RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder, RDKit::FixedMolSizeMolBundle, RDKit::FPHolderBase, RDKit::KeyFromPropHolder, RDKit::KeyHolderBase, RDKit::MolBundle, RDKit::MolHolder, RDKit::MolHolderBase, RDKit::SubstructLibrary
• addMoleculeMetadata() : RDKit::MolDraw2DSVG
• addNode() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
• addNoLineArcs() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMolMCHLasso
• addNonRingAtom() : RDDepict::EmbeddedFrag
• addParentAtomWithBookmark() : RDKit::SubstanceGroup
• addParentAtomWithIdx() : RDKit::SubstanceGroup
• addPattern() : RDKit::ExclusionList
• addPoint() : RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
• addProductTemplate() : RDKit::ChemicalReaction
• addReactantTemplate() : RDKit::ChemicalReaction
• addReader() : RDKit::MultiFPBReader
• addRgroupData() : RDKit::VarianceDataForLabel
• addRing() : RDKit::RingInfo
• addRingSystemTemplates() : RDDepict::CoordinateTemplates
• addSgroupsToPtree() : RDKit::MarvinMolBase
• addSmiles() : RDKit::CachedSmilesMolHolder, RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder
• addSnapshot() : RDKit::Trajectory
• addStereoAnnotation : RDKit::MolDrawOptions
• addSynthon() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
• addVarianceData() : RDKit::FingerprintVarianceScoreData
• adjustBondEndsForLabels() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• adjustBondsOnSolidWedgeEnds() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• adjustCharges : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnectorOptions
• adjustColons() : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
• adjustConjugatedFiveRings : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustDegree : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustDegreeFlags : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustHeavyDegree : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustHeavyDegreeFlags : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustLineEndForHighlight() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMolMCHCircleAndLine
• adjustLineForString() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
• adjustMolBlockWedging : RDDepict::ConstrainedDepictionParams
• AdjustQueryParameters() : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustRingChain : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustRingChainFlags : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustRingCount : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustRingCountFlags : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustSingleBondsBetweenAromaticAtoms : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustSingleBondsToDegreeOneNeighbors : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• adjustStringRectsForSuperSubScript() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
• adjustToRemovedAtom() : RDKit::SubstanceGroup
• adjustToRemovedBond() : RDKit::SubstanceGroup
• agents : RDKit::MarvinReaction
• agentWeight : RDKit::ReactionFingerprintParams
• aid : RDDepict::EmbeddedAtom
• aIdx : RDKit::SubstanceGroup::AttachPoint
• ALIAS_CONVERSION_FAILED : RDKit::StructureCheck::StructChecker
• align() : RDKit::MolAlign::O3A
• align_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation
• alignment : RDKit::RGroupDecompositionParameters
• alignOnly : RDDepict::ConstrainedDepictionParams
• alignString() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextNotFT
• ALL : RDKit::FilterCatalogParams
• allBestMCESs : RDKit::RascalMCES::RascalOptions
• allBondsExplicit : RDKit::SmilesWriteParams
• allHsExplicit : RDKit::SmilesWriteParams
• allocateAtomCounts() : RDKit::AdditionalOutput
• allocateAtomToBits() : RDKit::AdditionalOutput
• allocateBitInfoMap() : RDKit::AdditionalOutput
• allocateBitPaths() : RDKit::AdditionalOutput
• ALLOW_CHARGE_SEPARATION : RDKit::ResonanceMolSupplier
• ALLOW_INCOMPLETE_OCTETS : RDKit::ResonanceMolSupplier
• allowAromaticBondType : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• allowAtomAliases : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
• allowAtomBondClashExemption : RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• allowCXSMILES : RDKit::v1::SmartsParserParams, RDKit::v1::SmilesParserParams
• allowDativeBondType : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• allowDummies : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
• AllowedAtomsValidation() : RDKit::MolStandardize::AllowedAtomsValidation
• allowEmptyMolecules : RDKit::MolStandardize::PipelineOptions, RDKit::MolStandardize::RDKitValidation
• allowEnhancedStereo : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• allowLongBondsInRings : RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• allowMultipleRGroupsOnUnlabelled : RDKit::RGroupDecompositionParameters
• allowNonTerminalRGroups : RDKit::RGroupDecompositionParameters
• allowQueries : RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
• allowRGroups : RDDepict::ConstrainedDepictionParams
• Alpha : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• alpha_i : ForceFields::MMFF::MMFFVdW
• alpha_inc_used : RDKit::StructureCheck::IncEntry
• AlphaInc : RDKit::StructureCheck::IncEntry
• AlphaPathTable : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• And() : RDKit::FilterMatchOps::And
• AndQuery() : Queries::AndQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
• ang1_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArc
• ang2_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArc
• angle : RDDepict::EmbeddedAtom
• angle1 : RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
• angle2 : RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
• angle_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArrow
• AngleBendContrib() : ForceFields::MMFF::AngleBendContrib, ForceFields::UFF::AngleBendContrib
• AngleConstraintContrib() : ForceFields::AngleConstraintContrib
• AngleConstraintContribs() : ForceFields::AngleConstraintContribs
• AngleConstraintContribsParams() : ForceFields::AngleConstraintContribsParams
• angles : ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails
• angleTo() : RDGeom::Point2D, RDGeom::Point3D, RDGeom::PointND
• annotateProperties() : RDKit::Descriptors::Properties
• annotationColour : RDKit::MolDrawOptions
• annotationFontScale : RDKit::MolDrawOptions
• annotations_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• AnyOverLappingAtoms() : RDKit::MarvinMolBase
• append() : RDKit::MolAlign::O3AConstraintVect, RDKit::MolStandardize::PipelineResult
• ApplyMask : RDKit::RDValue
• ApplyPtrMask : RDKit::RDValue
• applyTautomer() : RDKit::StructureCheck::StructCheckTautomer
• areAtomsInSameRing() : RDKit::RingInfo
• areAtomsInSameRingOfSize() : RDKit::RingInfo
• areBondsInSameRing() : RDKit::RingInfo
• areBondsInSameRingOfSize() : RDKit::RingInfo
• areRingsFused() : RDKit::RingInfo
• arom : ForceFields::MMFF::MMFFProp
• AROMATIC : RDKit::Bond
• AromaticAtomIterator_() : RDKit::AromaticAtomIterator_< Atom_, Mol_ >
• aromaticMatchesConjugated : RDKit::SubstructMatchParameters
• aromatizeIfPossible : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
• arrow : RDKit::MarvinReaction
• assertValidTemplate() : RDDepict::CoordinateTemplates
• assign() : RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::Vector< TYPE >
• assignConnectorsUsed() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
• at() : RDKit::FMCS::TArray2D< T >, RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
• at1Cds_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeDashedWedge
• at2AtomicNum : ForceFields::UFF::InversionContribsParams
• atCds_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• atEnd() : RDKit::ResonanceMolSupplier, RDKit::v1::MolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::ForwardSDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::MolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SmilesMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::TDTMolSupplier
• atIdx_ : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
• atno : ForceFields::MMFF::MMFFProp
• Atom() : RDKit::Atom
• atom : RDKit::Canon::canon_atom, RDKit::Canon::MolStackUnion, RDKit::MarvinAttachmentPoint, RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
• atom1_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
• atom1Label : RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
• atom1Type : RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
• atom2_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
• atom2Label : RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
• atom2Type : RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
• ATOM_CHARGE : RDKit::MolPickler
• ATOM_CHECK_FAILED : RDKit::StructureCheck::StructChecker
• ATOM_CHIRALTAG : RDKit::MolPickler
• ATOM_CLASH : RDKit::StructureCheck::StructChecker
• ATOM_DUMMYLABEL : RDKit::MolPickler
• ATOM_INDEX : RDKit::MolPickler
• ATOM_ISAROMATIC : RDKit::MolPickler
• ATOM_MAPNUMBER : RDKit::MolPickler
• ATOM_MASS : RDKit::MolPickler
• ATOM_NEXPLICIT : RDKit::MolPickler
• ATOM_NUMBER : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_ALTLOC : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_CHAINID : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_INSERTIONCODE : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_ISHETEROATOM : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_OCCUPANCY : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_RESIDUENAME : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_RESIDUENUMBER : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_SECONDARYSTRUCTURE : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_SEGMENTNUMBER : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_SERIALNUMBER : RDKit::MolPickler
• ATOM_PDB_RESIDUE_TEMPFACTOR : RDKit::MolPickler
• ATOM_POS : RDKit::MolPickler
• AtomAcidity : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• atomBonds() : RDKit::ROMol
• atomClashLimit : RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
• atomColourPalette : RDKit::MolDrawOptions
• AtomCompareCalls : RDKit::FMCS::ExecStatistics
• AtomCompareFunctor() : RDKit::Canon::AtomCompareFunctor
• AtomCompareParameters : RDKit::MCSParameters
• atomCoords() : RDKit::MolDraw2D
• atomCounts : RDKit::AdditionalOutput
• atomCountsType : RDKit::AdditionalOutput
• AtomFunctorCalls : RDKit::FMCS::ExecStatistics
• atomHighlightsAreCircles : RDKit::MolDrawOptions
• atomicData() : RDKit::atomicData
• AtomicNum() : RDKit::atomicData
• atomicNums_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• AtomIterator_() : RDKit::AtomIterator_< Atom_, Mol_ >
• AtomKekulizeException() : RDKit::AtomKekulizeException
• atomLabelDeuteriumTritium : RDKit::MolDrawOptions
• atomLabels : RDKit::MolDrawOptions
• atomLabels_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• AtomMatchTable : RDKit::FMCS::Target
• atomMembers() : RDKit::RingInfo
• AtomMonomerInfo() : RDKit::AtomMonomerInfo
• AtomMonomerType : RDKit::AtomMonomerInfo
• atomNeighbors() : RDKit::ROMol
• atomNums : ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails
• AtomPairArguments() : RDKit::AtomPair::AtomPairArguments
• AtomPairAtomEnv() : RDKit::AtomPair::AtomPairAtomEnv< OutputType >
• AtomPairAtomInvGenerator() : RDKit::AtomPair::AtomPairAtomInvGenerator
• atomPairs : RDKit::FilterMatch
• AtomPDBResidueInfo() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
• atomProperties : RDKit::SubstructMatchParameters
• atomProperty : RDKit::MolzipParams
• AtomPtrContainer : RDKit::MolChemicalFeature
• AtomPtrContainer_CI : RDKit::MolChemicalFeature
• atomRefInAtoms() : RDKit::MarvinMolBase
• atomRefs2 : RDKit::MarvinBond
• atomRegions : RDKit::MolDrawOptions
• AtomRingQuery() : RDKit::AtomRingQuery
• atomRings() : RDKit::RingInfo
• atomRingSizes() : RDKit::RingInfo
• atoms() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol
• Atoms : RDKit::FMCS::MolFragment
• atoms : RDKit::MarvinMolBase, RDKit::MarvinStereoGroup, RDKit::ROMol
• Atoms : RDKit::StructureCheck::Neighbourhood
• AtomSanitizeException() : RDKit::AtomSanitizeException
• AtomSymbol() : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol, RDKit::StructureCheck::AugmentedAtom, RDKit::StructureCheck::IncEntry, RDKit::StructureCheck::Ligand
• atomSymbols : RDKit::MolzipParams
• atomSyms() : RDKit::MolDraw2D
• atomSyms_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
• atomToBits : RDKit::AdditionalOutput
• atomToBitsType : RDKit::AdditionalOutput
• AtomTyper : RDKit::MCSParameters
• AtomTypeScheme : RDKit::MolAlign::O3A
• AtomValenceException() : RDKit::AtomValenceException
• AtropisomerBond() : RDKit::CIPLabeler::AtropisomerBond
• attachmentPoints : RDKit::MarvinSuperatomSgroup
• attachments : RDKit::RGroupData
• AttribType() : RDKit::SLNParse::AttribType
• AugmentedAtom() : RDKit::StructureCheck::AugmentedAtom
• AugmentedAtomPairs : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
• autoGetLabels() : RDKit::RGroupDecompositionParameters